Налоговый контроль осуществляется налоговыми органами посредством камеральных и выездных налоговых проверок, правовое регулирование которых установлено главой 14 Налогового кодекса Российской Федерации. Камеральная проверка проводится по месту нахождения налогового органа на основе налоговых деклараций и иных документов, представленных налогоплательщиком, а также документов, имеющихся у налогового органа, без специального решения руководителя. Выездная проверка проводится на территории налогоплательщика либо по месту нахождения налогового органа на основании решения руководителя и предполагает более широкий объем контрольных мероприятий.

Камеральная налоговая проверка проводится в течение трех месяцев со дня представления налоговой декларации. В рамках проверки налоговый орган вправе истребовать у налогоплательщика документы, подтверждающие правомерность применения налоговых вычетов, льгот, пониженных ставок, а также пояснения по выявленным ошибкам и противоречиям. Особое значение приобретают камеральные проверки деклараций по налогу на добавленную стоимость, в которых заявлено право на возмещение налога. В таких случаях налоговый орган проводит углубленный анализ представленных документов, а также сведений, полученных в рамках встречных проверок контрагентов.

Выездная налоговая проверка проводится на основании решения руководителя налогового органа и охватывает период, не превышающий трех календарных лет, предшествующих году вынесения решения. Срок проведения проверки исчисляется со дня вынесения решения и по общему правилу составляет два месяца, с возможностью продления до четырех месяцев, а в исключительных случаях — до шести месяцев. Налоговый орган вправе приостанавливать проведение проверки для истребования документов у контрагентов, проведения экспертиз, перевода документов.

В ходе выездной проверки налоговые органы наделены широкими полномочиями: истребование документов, осмотр помещений и территорий, выемка документов и предметов, допрос свидетелей, назначение экспертизы, привлечение специалистов и переводчиков. Реализация указанных полномочий должна осуществляться с соблюдением процессуальных требований, установленных Налоговым кодексом. Нарушение порядка проведения проверки, оформления ее результатов, а также существенные нарушения прав налогоплательщика являются основаниями для признания решения, принятого по итогам проверки, недействительным.

Профессиональное сопровождение проверки предполагает контроль за соблюдением налоговым органом установленной процедуры, оперативное реагирование на неправомерные действия должностных лиц, подготовку мотивированных отказов в предоставлении документов, не относящихся к предмету проверки, а также формирование правовой позиции, направленной на минимизацию налоговых рисков.