Акт налоговой проверки представляет собой процессуальный документ, фиксирующий результаты проведенных контрольных мероприятий и содержащий выводы о наличии либо отсутствии нарушений законодательства о налогах и сборах. Правовая природа акта определяется статьей 100 Налогового кодекса Российской Федерации, устанавливающей требования к его содержанию, порядку вручения налогоплательщику и срокам представления возражений.

Налогоплательщик вправе представить письменные возражения на акт налоговой проверки в целом либо на его отдельные положения в течение одного месяца со дня получения акта. Реализация указанного права является неотъемлемой гарантией права на защиту, обеспечивающей возможность довести до сведения руководителя налогового органа позицию налогоплательщика до вынесения итогового решения. Возражения рассматриваются в ходе рассмотрения материалов налоговой проверки, которое производится с участием налогоплательщика либо его представителя.

Предметом возражений могут выступать как материально-правовые, так и процессуальные доводы. Материально-правовые возражения направлены на опровержение выводов налогового органа о наличии нарушений: неправильное применение норм налогового законодательства, неверная квалификация хозяйственных операций, необоснованность расчета доначислений, наличие документов, подтверждающих правомерность позиции налогоплательщика. Процессуальные возражения касаются нарушений порядка проведения проверки: истребование документов, не относящихся к предмету проверки, проведение контрольных мероприятий за пределами установленных сроков, нарушение порядка оформления результатов, использование доказательств, полученных с нарушением закона.

Существенное значение при подготовке возражений имеет подбор доказательственной базы, подтверждающей позицию налогоплательщика. К возражениям могут быть приложены документы, не исследованные в ходе проверки, письменные пояснения, заключения специалистов, а также ссылки на судебную практику и разъяснения уполномоченных органов. Налогоплательщик вправе представить дополнительные документы как одновременно с возражениями, так и в ходе рассмотрения материалов проверки.

Рассмотрение материалов проверки и возражений производится руководителем налогового органа либо его заместителем, которые обязаны исследовать все представленные документы, оценить доводы налогоплательщика и вынести мотивированное решение. Несоблюдение процедуры рассмотрения, лишение налогоплательщика возможности участвовать в рассмотрении материалов и представлять объяснения являются основанием для отмены решения вышестоящим налоговым органом или судом.